Als gevolg van de wet "Goed onderwijs - goed bestuur" heeft er een belangrijke wijziging plaats gevonden in het bestuur.
De leden van de vereniging zijn daarover geïnformeerd en hebben ingestemd met de vorm waarvoor binnen de vereniging CNS is gekozen om uitdrukking te geven aan de scheiding tussen besturen/uitvoeren enerzijds en toezichthouden anderzijds (zie Code Goed Bestuur in het primair onderwijs). Kort door de bocht: het ging erom dat er geen situatie mocht blijven bestaan waarbij de "slager zijn eigen vlees keurt". Er is een scheiding aangebracht tussen het dagelijks bestuur dat uitvoerende taken heeft en een algemeen bestuur dat toezicht houdt. Het algemeen bestuur wordt gevormd door een 7-tal portefeuillehouders en het dagelijks bestuur wordt bij de vereniging CNS gevormd door de directeur-bestuurder. Deze verricht het uitvoerende werk en heeft tevens een adviserende, initiërende en stimulerende rol in de richting van de verschillende overlegpartners. Naast de bestuurlijke rol heeft de directeur-bestuurder een leidinggevende rol in de richting van de directies van de scholen. De directeur-bestuurder wordt een aantal dagdelen per week ondersteund door een financieel-administratief medewerkster.
Verantwoording aan de toezichthouders wordt afgelegd via managementrapportages, waarin aandacht is voor onderwijs(opbrengsten), personeelszaken, het onderhoud van de gebouwen en de financiën. In deze rapportages wordt een verband gelegd met hetgeen beschreven is in het strategisch beleid van de vereniging en de schoolplannen van de scholen.
De scholen worden geleid door een directeur die de eindverantwoording draagt. De directeur legt verantwoording af aan ouders, de directeur-bestuurder en MR en wordt bijgestaan door een middenkader met deelverantwoordelijkheden.